Traitement de données HDX - MS

Objectif de cet outil: à partir de deux fichiers CSV, l'un contenant la liste des pics expérimentaux (m/z) identifiés dans un chromatogramme LC/MS, l'autre contenant la liste des temps de rétention (RT) de référence et les MH⁺ monoisotopiques théoriques, retrouver les massifs déplacés par les échanges H/D et décompter le déplacement.

Deux fichiers en entrée :

Données expérimentales :
RT, m/z, Intensité
Données de référence :
MH⁺, Début, Fin, RT

Autres paramètres :

Prendre en compte les RT : comparer les RT expérimentaux aux RT de référence.
Regrouper par RT : vérifier si des pics qui devraient être au même RT (isotopes d'un même état de charge et états de charge différents d'un même peptide) sont bien au même RT, suivant la tolérance indiquée.
Restreindre aux séries isotopiques: un groupe de pics ne sera considéré que s'il comporte au moins n pics séparés d'au plus le nombre d'unité indiqué. Ces unités sont exprimées en masses nominales (unitaires).
Fit des massifs d'échange: tente un fit des massifs d'échanges basé sur une distribution gaussienne, centrée autour de la masse moyenne. Deux paramètres sont à entrer: le niveau du bruit de fond ainsi que le critère de qualité requis (compris entre 0 et 1). Un critère de zéro permet d'afficher la qualité sans éliminer de pics.

Traitement de données HDX - LC/MS
Tolérance masse : ppm Etat de charge maximal (blanc si aucun):
Prendre en compte les RT - Tolérance chromatogramme : minutes
Regrouper par RT - Tolérance :
Restreindre aux séries isotopiques - Séparation maximale: - Nombre de pics minimal:
Fit des massifs d'échange - Seuil de bruit: - Facteur de qualité:
Taux de deutération maximal (défaut 100%) :
Fichier expérimental :
Fichier de référence :
Afficher toutes les valeurs de référence