Représentation de peptides sur séquence

L'objectif de cet outil est de représenter sur une séquence de protéine les peptides trouvés dans une digestion. De plus, ceux-ci peuvent être colorés en fonction de données (échanges H/D, mais aussi intensité, ...)

Paramètres en entrée :

• Séquence: séquence de la protéine
• Liste des peptides, sous la forme d'un triplet (séparé par des espaces ou tabulations): Début, Fin, Variable. La variable peut-être le pourcentage de deutération (par défaut) mais aussi tout autre paramètre qu'on souhaite représenter.
• Valeur maximale : maximum de la variable à représenter (défaut: 100).
• Valeur par défaut : fixe la couleur à utiliser en absence de valeur. Quelques exemples: 50: jaune, 80: rouge, 100: marron.
• Défaut transparent: les peptides sans valeur attribuée seront rendus transparents.
• Nombre de résidus par groupe : la séquence est représentée avec une mise en forme groupant les résidus ensemble. (Défaut: 10)
• Résidus par ligne : multiple du nombre de groupes. (Défaut: 50).
• Représentation en superposition : Superpose la représentation sur la séquence. En cas de segements communs entre plusieurs éléments, la moyenne est prise. Attention : pour des échanges H/D, prendre la moyenne des taux d'échange n'est pas nécessairement pertinent.

Attention : le format de fichier SVG (.svg) n'est pas géré par tous les navigateurs: en particulier quand la taille du SVG dépasse celle de la fenêtre du navigateur. Le script marche avec Konqueror, Google Chrome, Opéra, Firefox. De plus, le rendu peut varier suivant le navigateur, en particulier suivant le choix de la police utilisée. Je recommande donc d'ouvrir le fichier avec Inkscape pour conserver le format initial. Je vais travailler sur ce point s'il vous pose un vrai problème.