Calibration interne d'une liste de masses

Ce script ne fonctionne que pour des résultats acquis sur un instrument de type FT-ICR.

Fonctionnement succinct de ce script: les masses données en entrée seront recalibrées en utilisant des masses de peptides générés par une digestion in silico de la protéine. Vous pouvez limiter les états de charge à prendre en compte (MALDI ou ESI). Ce script fera plusieurs passages: à partir d'une tolérance initiale (suffisemment élevée), les peptides ne présentant pas d'ambigüité sont sélectionnés comme paramètres de calibration potentiels. Une première calibration est effectuée, ce qui définit une nouvelle valeur de tolérance sur la mesur de masse à partir de l'écart-type mesuré et du nombre de masses utilisées. A partir de là on itère les calibrations jusqu'à ce que soit toutes les masses soient attribuées de façon unique, soit la tolérance ne puisse plus diminuer.

Recalibration d'une liste de masses à partir d'une digestion enzymatique
Calibration initiale:
Entrer ML1 et ML2 pour cal2, ML1, ML2 et ML3 pour cal3.
ML1: ML2: ML3 (si cal3):
Calibration finale: cal2 cal3
Masses mesurées (optionnellement suivies de l'état de charge sous la forme [+/-]n):
Séquence de la protéine :
Etat de charge maximal:
Enzyme à utiliser: Coupures non-spécifiques: Inclure les peptides d'autodigestion de l'enzyme.
Modifications optionnelles : Carbamidométhylcystéines Oxidation des M
N'afficher que les masses recalibrées correspondant à des peptides.
Tolérance initiale: ppm.