Recherche de peptides cross-linkés

Ce script recherche les peptides pontés pouvant correspondre aux masses entrées dans la liste de masses. Il prend en compte jusqu'à 5 protéines différentes, à entrer soit sous la forme de numéro d'accession UniProt/TrEMBL soit en entrant la séquence. Dans les deux cas, les entrées doivent être séparées par un retour à la ligne.

Par défaut, le script considère des carbamidométhylcystéines et des oxidations de méthionines optionnelles.

Pour utiliser des modifications personnalisées:

• Sélectionnez Utilisateur comme type de pontage.
• La masse du pont est la modification de masse induite par l'agent pontant sur l'ensemble des deux peptides. I.e. la masse totale est égale à: M_P1 + M_P2 + ΔM_x-link.
• Les résidus modifiables par l'agent pontant sont à entrer sous la forme de code à une lettre en majuscules.

Comme ailleurs dans cette série d'outils, les masses MH⁺ sont à entrer sous la forme nnnn.nnnn pour des monochargés ou nnnn.nnnn +/-z pour les multichargés.